J.D., Turk et Elliot font leur internat de médecine à l'hôpital du Sacré Coeur. Ils y découvrent que la vie n'y est pas facile et se retrouvent bien souvent dans des situations des plus loufoques.
Scrubs nous fait découvrir l'hôpital à travers les yeux de John Dorian, alias « JD » (surnommé Bambi par Carla), jeune médecin récemment diplômé au début de la série, tout comme son colocataire et meilleur pote, le chirurgien Chris Turk. Ils sont accompagnés dans leurs premiers pas par leur collègue Elliot Reid, jeune femme brillante mais névrosée, et par Carla Espinosa, infirmière au caractère bien trempé qui ne laisse pas Turk indifférent.
JD se trouve rapidement un mentor en la personne du Dr Cox, dont la mauvaise humeur perpétuelle et l'addiction au travail dissimulent l'incapacité à gérer sa vie personnelle ; celui-ci est le principal rempart des patients et des internes contre le cynisme du directeur du Sacré-C½ur (Sacred Heart), le mielleux et tyrannique Dr Kelso.
La série suit la vie personnelle et professionnelle de ces personnages travaillant à l'hôpital du Sacré-C½ur. La série met en scène une narration à la première personne, des personnages extrèmement bavards, des intrigues secondaires qui s'entrecroisent, et des scènes surréalistes qui représentent les rêves éveillés de JD. Ces aspects comiques sont compensés par des scènes poignantes traitant des difficultés pour les médecins de gérer la mort et les problèmes de leur vie personnelle.
La série est structurée autour de plusieurs intrigues sur le même thème. A la fin de chaque épisode, J.D. résume la morale ou le thème de l'histoire, dans une succession de plans qui montre généralement comment cela affecte chacun des personnages.
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